Античність і Візантія (V ст. до н. е. – XIV ст.)
Поселення засноване близько 430 р. до н. е. давньогрецькими колоністами, найімовірніше афінянами, в епоху Перікла. У римський період місто було відоме як Перонтікос і процвітало як порт. Після варварських навал V–VII ст. його відновив візантійський воєначальник Агатон, від якого воно й отримало назву Агатополіс. 1306 р. за імператора Михаїла IX фортечні стіни укріпили; їхні ділянки заввишки до 8 м і завширшки 3,5 м збереглися донині.
Османський період і Відродження (1453–1878)
У XVIII–XIX ст. Ахтопол розрісся як рибальський і торговельний осередок: 1796 р. тут звели церкву Святого Вознесіння, а на початку XX ст. — Грецьку школу. Її будували болгарські майстри за проєктом грецьких архітекторів і на кошти грецьких переселенців у США.
Болгарський Ахтопол (1913 — сьогодні)
Після Балканських воєн (1912–1913) Ахтопол став частиною Болгарії. Велика пожежа 1918 р. знищила майже все місто — вціліли лише церква Святого Вознесіння та один будинок на набережній алеї. Після греко-болгарського обміну населенням 1925 р. грецькі жителі виїхали до Греції, а на їхнє місце прийшли болгарські біженці зі Східної Фракії (близько 150 родин із району Бунархісара). Сьогодні Ахтопол — рибальське містечко й місце літнього відпочинку, звідки вирушають до природного парку «Странджа».