Apollonia'dan erken Bizans Akra'sına (MÖ VII. yüzyıl – MS VI. yüzyıl)
Bugünkü Çernomorets'in kuzeybatısındaki Akra (Aziz Nikola) Yarımadası, ilk Antik Yunan kolonistlerinin Apollonia Pontica'dan (Sozopol) buraya yerleştiği MÖ VII–VI. yüzyıldan beri iskân ediliyor. MS V. yüzyılın ikinci yarısında, Bizans İmparatoru I. Anastasius döneminde, aynı yarımadada erken Bizans kalesi Akra inşa edilmiş ve bu kale MS VI. yüzyılın sonuna — Avar akınlarına — kadar varlığını sürdürdü. Kale kompleksinin yaklaşık üçte biri bugün yarımadayı çevreleyen koylarda su altında kaldı ve arkeolog İvan Hristov'un yönettiği su altı arkeolojik araştırmalarının konusudur.
Orta Çağ'dan Kurtuluş'a (VI–XIX. yüzyıl)
VI. yüzyıldan sonra Akra Kalesi yavaş yavaş geriledi ve terk edildi; halk ise yakın kıyıdaki küçük balıkçı yerleşimlerine taşındı. Osmanlı döneminde burada ağırlıklı olarak Rum ve Bulgar balıkçı nüfusuna sahip, Sveti Nikola (ya da Ayazma) adında küçük bir köy vardı. Yerleşim adını, yerli denizcilerin azizin mucizevi ikonasını bulmasının ardından 1858 yılında kutsanan "Sveti Nikola" kilisesinden aldı. XIX. yüzyılda köy büyüdü.
Modern Çernomorets (1951 — bugün)
1951 yılına kadar köyün adı Sveti Nikola'ydı; 1951'de idari bir kararla Çernomorets olarak değiştirildi. 1945'ten sonra Çernomorets önemli ölçüde büyüdü — sendikaların ve ayrı ayrı devlet işletmelerinin dinlenme tesisleri inşa edildi. 1972 yılında Deniz Kuvvetleri'nin üslenme noktası da Burgaz'dan, yaklaşık 5 km güneybatıdaki komşu Atia köyüne taşındı. 2 Aralık 2009 tarihinde Çernomorets şehir statüsü kazandı. 1989'dan sonra büyük tesisler özelleştirildi; bugün kasaba, küçük aile otelleri ve apartman kompleksleriyle çeşitlilik sunan, balıkçı köyü ruhunu korumuş bir destinasyon.