Antik Çağ ve Bizans (MÖ V. yüzyıl – XIV. yüzyıl)
Yerleşim, MÖ 430 dolaylarında, Perikles çağında, büyük olasılıkla Atinalı olan Eski Yunan kolonistler tarafından kuruldu. Roma döneminde şehir Perontikos adıyla biliniyordu ve bir liman olarak gelişti. V–VII. yüzyıldaki barbar akınlarından sonra Bizanslı komutan Agathon tarafından yeniden inşa edildi; adını da buradan, Agathopolis olarak aldı. 1306'da İmparator IX. Mihail döneminde kale duvarları güçlendirildi; bunların 8 m yüksekliğe ve 3,5 m genişliğe ulaşan bölümleri bugüne dek korundu.
Osmanlı dönemi ve Bulgar Ulusal Uyanışı (1453 – 1878)
XVIII–XIX. yüzyıllarda Ahtopol bir balıkçılık ve ticaret merkezi olarak büyüdü; 1796'da "Kutsal Göğe Yükseliş" kilisesi inşa edildi, XX. yüzyılın başında ise Yunan mimarların projesine göre Bulgar ustalar tarafından, ABD'deki Yunan göçmenlerin parasıyla yükseltilen Rum Okulu yapıldı.
Bulgar Ahtopol (1913 — bugün)
Balkan Savaşları'ndan (1912–1913) sonra Ahtopol Bulgaristan'ın bir parçası oldu. 1918'deki büyük yangın şehrin neredeyse tamamını yok etti — yalnızca "Kutsal Göğe Yükseliş" kilisesi ile sahil yolundaki bir ev ayakta kaldı. 1925 tarihli Yunan-Bulgar nüfus mübadelesinden sonra Rum sakinler Yunanistan'a göç etti, yerlerini Doğu Trakya'dan gelen Bulgar mülteciler aldı (Pınarhisar yöresinden yaklaşık 150 aile). Bugün Ahtopol bir balıkçı kasabası ve yaz destinasyonu, "Istranca" doğa parkına açılan bir başlangıç noktasıdır.