Antik Çağ (MÖ VI. yüzyıl – VII. yüzyıl)
Bugünkü Aheloy'un bulunduğu bölgeye daha MÖ VI. yüzyıldan itibaren Traklar yerleşti. Daha sonra burası, Apollonia (Sozopol) ve Mesembria (Nesebar) Yunan kolonilerinin etki alanında küçük bir limandı. "Aheloy" adı, Yunanca "Akheloos" sözcüğünden gelir — "nehir" anlamına gelen bir nehir tanrısı.
Aheloy Savaşı (917)
20 Ağustos 917'de Anchialos ovasında — Anchialos (bugünkü Pomorie) ile Mesembria (Nesebar) kaleleri arasında, Aheloy Nehri'nin ağzına yakın bir yerde — Orta Çağ Avrupası'nın en büyük savaşlarından biri yapıldı. Büyük Çar I. Simeon, Biberna Tepesi'nden (bugünkü Kableşkovo yakınında) yaptığı kuşatıcı saldırıyla magistros Leon Fokas'ın Bizans ordusunu bozguna uğrattı. Bizans kayıpları on binlerce ölü olarak tahmin edilir; Diyakoz Leon'a göre Anchialos'taki kemik yığınları savaştan 75 yıl sonra bile görülüyordu. Zafer, Bulgarların Balkanlar'daki üstünlüğünü pekiştirdi ve Bulgar hükümdarının imparatorluk unvanının tanınmasını hızlandırdı.
Orta Çağ ve Osmanlı İmparatorluğu (X–XIX. yüzyıl)
Büyük savaştan sonra burası stratejik önemini korudu — XIV. yüzyıla kadar Bulgar Çarlığı ile Bizans arasındaki sınır. Osmanlı yönetimi altında Aheloy, Rum ve Bulgar nüfuslu, yaklaşık 30 haneli küçük bir balıkçı köyüydü. XIX. yüzyılda buraya Doğu Trakya ve Küçük Asya'dan gelen mülteciler yerleşti.
Modern Aheloy (1878 — bugün)
1878 Kurtuluşu'ndan sonra Aheloy Doğu Rumeli'de kaldı, 6 Eylül 1885 tarihli Birleşme'nin ardından ise birleşik Bulgaristan Prensliği'ne geçti. 1967'de köy, yerel öneme sahip iklimsel deniz tatil beldesi ilan edildi. 10 Ocak 2009'da Bakanlar Kurulu'nun 4 sayılı Kararı ile (Devlet Gazetesi'nin 23.01.2009 tarihli 6. sayısında yayımlandı) Aheloy şehir ilan edildi — Burgaz bölgesinde bu statüye sahip en yeni yerleşimlerden biri.