Antichitate și Bizanț (sec. V î.Hr. – sec. XIV)
Agathopolis a fost fondat în sec. V î.Hr. de coloniștii greci din Apollonia Pontica. În Imperiul Roman a înflorit ca port și centru comercial; apoi a devenit o cetate bizantină importantă la granița estică. În 1306, împăratul Mihail al IX-lea a întărit zidurile, dintre care părți supraviețuiesc până azi.
Perioada otomană și renașterea (1453–1878)
După căderea Constantinopolului în 1453, orașul a intrat sub stăpânire otomană, dar și-a păstrat caracterul grecesc — populație preponderent grecească, sediu al unei mici episcopii. În secolele XVIII–XIX a crescut ca centru pescăresc și comercial; Biserica Înălțării a fost ridicată în 1776, iar școala grecească în 1873.
Ahtopol bulgăresc (1913 — astăzi)
După Războaiele Balcanice (1912–1913) Ahtopolul a devenit parte a Bulgariei. Un mare incendiu în 1918 a distrus mare parte din vechea arhitectură a Renașterii. După schimbul de populații din 1925, locuitorii greci au plecat în Grecia, iar locul lor a fost luat de refugiați bulgari din Tracia de Est. Astăzi Ahtopol este un orășel pescăresc și destinație de vară, gazdă a unor zile ale festivalului Apollonia și poartă de intrare spre munții Strandja.