Antichitate (sec. VI î.Hr. – VII)
Tracii s-au stabilit în zona actualului Aheloy încă din sec. VI î.Hr. Mai târziu, a fost un mic port folosit de coloniile grecești Apollonia și Mesembria. Numele „Aheloy“ provine din grecul „Acheloos“ — o zeitate a râului, însemnând „râul“.
Bătălia de la Aheloy (917)
La 20 august 917, lângă gura râului s-a desfășurat una dintre cele mai mari bătălii din istoria medievală bulgărească. Țarul Simeon I cel Mare a zdrobit armata bizantină a lui Leon Focas — peste 20.000 de bizantini uciși. Victoria a consolidat dominația bulgară în Balcani și este descrisă de istoricii bizantini drept „catastrofală“.
Evul Mediu și Imperiul Otoman (sec. X–XIX)
După marea bătălie, locul și-a păstrat importanța strategică — graniță între Țaratul Bulgar și Bizanț până în sec. XIV. Sub stăpânire otomană, Aheloy a fost un mic sat pescăresc cu populație greacă și bulgară, circa 30 de case. În sec. XIX s-au stabilit aici refugiați din Tracia de Est și Asia Mică.
Aheloy modern (1878 — astăzi)
După Eliberarea din 1878, Aheloy a rămas în Rumelia Orientală, iar în 1885 a intrat în Principatul Bulgariei. În perioada socialistă a primit statutul de stațiune, cu mici case de odihnă. În 1984 Aheloy a fost declarat oraș. Astăzi este o alternativă liniștită de familie la stațiunile de masă, atrăgând mai ales turiști bulgari și români.