Starożytność i Bizancjum (V w. p.n.e. – XIV w.)
Osada została założona około 430 r. p.n.e. przez starogreckich kolonistów, najprawdopodobniej Ateńczyków, w epoce Peryklesa. W okresie rzymskim miasto znane było jako Perontikos i rozkwitało jako port. Po najazdach barbarzyńców z V–VII w. zostało odbudowane przez bizantyjskiego wodza Agatona, od którego wzięło nazwę Agatopolis. W 1306 r., za cesarza Michała IX, wzmocniono mury obronne; ich fragmenty, wysokie do 8 m i szerokie na 3,5 m, zachowały się do dziś.
Okres osmański i odrodzenie (1453 – 1878)
W XVIII–XIX w. Achtopol rozrastał się jako ośrodek rybacki i handlowy; w 1796 r. zbudowano cerkiew Wniebowstąpienia, a na początku XX w. — także Szkołę Grecką, wzniesioną przez bułgarskich mistrzów według projektu greckich architektów i za środki greckich emigrantów w USA.
Bułgarski Achtopol (1913 — dziś)
Po wojnach bałkańskich (1912–1913) Achtopol stał się częścią Bułgarii. Wielki pożar w 1918 r. zniszczył niemal całe miasto — ocalała tylko cerkiew Wniebowstąpienia i jeden dom przy nadmorskiej promenadzie. Po grecko-bułgarskiej wymianie ludności z 1925 r. greccy mieszkańcy wyjechali do Grecji, a ich miejsce zajęli bułgarscy uchodźcy z Tracji Wschodniej (około 150 rodzin z okolic Bunarchisaru). Dziś Achtopol to miasteczko rybackie i letni kurort, punkt wypadowy do Parku Przyrody „Strandża”.