Thrácké kořeny
Okolí Ajtosu bylo osídleno už v dávnověku. Thrácká sídliště a mohyly v okolí svědčí o životě, který tu trvá tisíciletí díky úrodné půdě a vodním pramenům na úpatí hor.
Antická zastávka na cestě
Ajtoský průsmyk spojuje pobřežní rovinu kolem Burgasu s vnitrozemím Thrákie. Tento přirozený koridor učinil z tohoto místa křižovatku pro cestující a obchodníky už v antice.
Pevnost „Aetos“
Ve středověku byl kopec nad městem bráněn pevností nazvanou „Aetos“ — řecky „orel“. Kontrolovala průsmyk a střežila cestu mezi mořem a vnitrozemím. Z jejího názvu pochází i dnešní jméno města.
Osmanské tržní město
Během staletí osmanské nadvlády se Ajtos rozvíjel jako řemeslnické a tržní centrum na rušné cestě mezi Burgasem a vnitrozemím země. Týdenní trhy shromažďovaly zboží a lidi ze širokého okolí.
Osvobození a současnost
Po osvobození v roce 1878 zůstal Ajtos zemědělským a obchodním centrem oblasti. Ve 20. století se město rozrostlo a park „Slaveeva reka“ a zoo se staly jeho zelenou vizitkou.