Starověk a Byzanc (5. stol. př. n. l. – 14. stol.)
Sídlo bylo založeno kolem roku 430 př. n. l. starořeckými kolonisty, nejspíše Athéňany, v Perikleově době. V římském období bylo město známé jako Perontikos a vzkvétalo jako přístav. Po barbarských vpádech z 5.–7. století jej obnovil byzantský vojevůdce Agaton, podle něhož získalo i jméno Agatopolis. V roce 1306 byly za císaře Michaela IX. hradby zesíleny; jejich části, vysoké až 8 m a široké 3,5 m, se zachovaly dodnes.
Osmanské období a národní obrození (1453 – 1878)
V 18.–19. století se Achtopol rozrůstal jako rybářské a obchodní středisko; v roce 1796 byl postaven kostel „Sv. Nanebevstoupení“ a na začátku 20. století — také Řecká škola, vybudovaná bulharskými mistry podle projektu řeckých architektů a za prostředky řeckých vystěhovalců v USA.
Bulharský Achtopol (1913 — dnes)
Po balkánských válkách (1912–1913) se Achtopol stal součástí Bulharska. Velký požár v roce 1918 zničil téměř celé město — přežil pouze kostel „Sv. Nanebevstoupení“ a jeden dům na pobřežní promenádě. Po řecko-bulharské výměně obyvatelstva z roku 1925 se řečtí obyvatelé vystěhovali do Řecka a jejich místo zaujali bulharští uprchlíci z Východní Thrákie (asi 150 rodin z oblasti Bunarchisaru). Dnes je Achtopol rybářské městečko a letní destinace, výchozí bod do přírodního parku „Strandža“.