Античность и Византия (V в. до н. э. – XIV в.)
Поселение основано около 430 г. до н. э. древнегреческими колонистами, скорее всего афинянами, в эпоху Перикла. В римский период город был известен как Перонтикос и процветал как порт. После варварских нашествий V–VII вв. он был восстановлен византийским военачальником Агафоном, от которого и получил название Агатополис. В 1306 году при императоре Михаиле IX крепостные стены были укреплены; их участки высотой до 8 м и шириной 3,5 м сохранились до наших дней.
Османский период и Возрождение (1453 – 1878)
В XVIII–XIX вв. Ахтопол разросся как рыбацкий и торговый центр; в 1796 году была построена церковь Святого Вознесения, а в начале XX века — Греческая школа, возведённая болгарскими мастерами по проекту греческих архитекторов на средства греческих переселенцев в США.
Болгарский Ахтополь (1913 — сегодня)
После Балканских войн (1912–1913) Ахтопол стал частью Болгарии. Большой пожар 1918 года уничтожил почти весь город — уцелели только церковь Святого Вознесения и один дом на набережной. После греко-болгарского обмена населением 1925 года греческие жители переселились в Грецию, а их место заняли болгарские беженцы из Восточной Фракии (около 150 семей из района Бунархисара). Сегодня Ахтопол — рыбацкий городок и летнее направление, отправная точка для природного парка «Странджа».