Античность и Византия (V в. до н. э. – XIV в.)
Агатополис основан в V в. до н. э. греческими колонистами из Аполлонии Понтийской. При Римской империи процветает как порт и торговый центр, затем — важная византийская крепость восточной границы. В 1306 г. император Михаил IX укрепил стены, частично сохранившиеся до наших дней.
Османский период и Возрождение (1453 – 1878)
После падения Константинополя в 1453 г. город переходит под османскую власть, сохранив греческий характер — население в основном греческое, центр небольшой епархии. В XVIII–XIX вв. развивается как рыбацкий и торговый узел; в 1776 г. построена церковь Св. Вознесения, позже — Греческая школа (1873).
Болгарский Ахтополь (1913 — сегодня)
После Балканских войн (1912–1913) Ахтополь вошёл в состав Болгарии. Крупный пожар 1918 г. уничтожил большую часть старой возрожденческой архитектуры. После обмена населением 1925 г. греческие жители переехали в Грецию, а их место заняли болгарские беженцы из Восточной Фракии. Сегодня Ахтополь — рыбацкий городок и летняя дестинация, принимающая дни фестиваля „Аполония“ и отправная точка для Странджи.