Античность (VI в. до н.э. – VII в.)
В районе нынешнего Ахелоя фракийцы селятся с VI в. до н.э. Позже — небольшой порт греческих колоний Аполлонии и Месамбрии. Название „Ахелой“ происходит от греческого „Ахелоос“ — речное божество, означающее „река“.
Битва при Ахелое (917 г.)
20 августа 917 г. у устья реки произошла одна из крупнейших битв в средневековой истории Болгарии. Царь Симеон I Великий разгромил византийскую армию Льва Фоки — более 20 000 убитых византийцев. Победа закрепила болгарское преобладание на Балканах и описывалась византийскими историками как „катастрофа“.
Средневековье и Османская империя (X–XIX в.)
После великой битвы место сохраняет стратегическое значение — граница между Болгарским царством и Византией до XIV в. При османах Ахелой — небольшое рыбацкое селение с греко-болгарским населением, около 30 домов. В XIX в. сюда переселяются беженцы из Восточной Фракии и Малой Азии.
Современный Ахелой (1878 — сегодня)
После Освобождения 1878 г. Ахелой оставался в Восточной Румелии, а в 1885 г. вошёл в Княжество Болгария. В социалистический период получил статус курорта с небольшими пансионатами. В 1984 г. Ахелой объявлен городом. Сегодня — тихая семейная альтернатива массовым курортам, привлекающая в основном болгарских и румынских туристов.