Antichitate (sec. VI î.Hr. – VII)
În zona actualului Aheloy, tracii s-au stabilit încă din secolul al VI-lea î.Hr. Mai târziu, locul a fost un mic port aflat pe orbita coloniilor grecești Apollonia (Sozopol) și Mesembria (Nessebar). Numele „Aheloy” provine din grecescul „Acheloos” — o divinitate fluvială, cu sensul de „râul”.
Bătălia de la Aheloy (917)
La 20 august 917, pe câmpul de la Anhialos — între cetățile Anhialos (azi Pomorie) și Mesembria (Nessebar), aproape de gura râului Aheloy — are loc una dintre cele mai mari bătălii din Europa medievală. Țarul Simeon I cel Mare zdrobește armata bizantină a magistrului Leon Phokas printr-un atac de învăluire de pe colina Biberna (lângă actualul Kableshkovo). Pierderile bizantine sunt estimate la zeci de mii de morți; potrivit lui Leon Diaconul, mormanele de oase de la Anhialos se vedeau încă 75 de ani după bătălie. Victoria consolidează supremația bulgară în Balcani și grăbește recunoașterea titlului imperial al suveranului bulgar.
Evul Mediu și Imperiul Otoman (sec. X–XIX)
După marea bătălie, locul și-a păstrat importanța strategică — graniță între Țaratul Bulgar și Bizanț până în sec. XIV. Sub stăpânire otomană, Aheloy a fost un mic sat pescăresc cu populație greacă și bulgară, circa 30 de case. În sec. XIX s-au stabilit aici refugiați din Tracia de Est și Asia Mică.
Aheloy modern (1878 — astăzi)
După Eliberarea din 1878, Aheloy a rămas în Rumelia Orientală, iar după Unirea din 6 septembrie 1885 a trecut la Principatul unit al Bulgariei. În 1967, satul a fost declarat stațiune climatică maritimă de importanță locală. La 10 ianuarie 2009, prin Decretul nr. 4 al Consiliului de Miniștri (publicat în Monitorul Oficial nr. 6 din 23.01.2009), Aheloy a fost declarat oraș — una dintre cele mai noi localități cu acest statut din regiunea Burgas.