Thrakisches Mesembria (6.–1. Jh. v. Chr.)
Die Siedlung wurde im 6. Jh. v. Chr. von dorischen Kolonisten aus Megara auf einem thrakischen Vorposten gegründet. Sie hieß Mesembria — vermutlich nach dem thrakischen Anführer Melsas. Aus dieser Zeit stammen Festungsmauern und Terrakotta-Funde im Archäologischen Museum.
Römische Zeit (1. Jh. v. Chr. – 4. Jh. n. Chr.)
Nach der Eingliederung ins Römische Reich wurde Mesembria ein belebter Hafen — prägte eigene Münzen und baute den Handel aus. Aus römischer Zeit sind Bäder und Mauerabschnitte erhalten.
Byzanz & mittelalterliches Bulgarien (5.–14. Jh.)
Die Stadt gehörte abwechselnd zu Byzanz sowie zum Ersten und Zweiten Bulgarischen Reich — mehrfach wechselten die Herrscher. 812 wurde sie von Khan Krum erobert. In dieser Zeit entstanden die meisten Kirchen: Hl. Sophia (Alte Metropolitankirche), Christ Pantokrator, Hl. Johannes Aliturgetos u.a.
Osmanische Zeit & Wiedergeburt (1453–1878)
Unter osmanischer Herrschaft behielt Nessebar seinen Status als christliche Metropolitanstadt. Im 18.–19. Jh. entstanden die charakteristischen Wiedergeburtshäuser mit hölzernen Erkern; viele dienen heute als Museen, Hotels und Restaurants.
Befreiung & UNESCO (1878 — heute)
Nach der Befreiung 1878 wurde Nessebar ein bulgarisches Fischerdorf. 1956 wurde die Altstadt zum Architektur- und Archäologiereservat erklärt, 1983 in die UNESCO-Welterbeliste aufgenommen. Heute ist sie eines der meistbesuchten Ziele an der bulgarischen Schwarzmeerküste.