Antike und Byzanz (5. Jh. v. Chr. – 14. Jh.)
Agathopolis wurde im 5. Jh. v. Chr. von griechischen Kolonisten aus Apollonia Pontica gegründet. Im Römischen Reich blühte es als Hafen und Handelszentrum; später wurde es eine wichtige byzantinische Festung an der Ostgrenze. 1306 ließ Kaiser Michael IX. die Mauern verstärken, von denen Teile bis heute erhalten sind.
Osmanische Zeit und Wiedergeburt (1453–1878)
Nach dem Fall Konstantinopels 1453 kam die Stadt unter osmanische Herrschaft, behielt aber ihren griechischen Charakter — überwiegend griechische Bevölkerung, Sitz eines kleinen Bistums. Im 18./19. Jh. wuchs sie als Fischerei- und Handelszentrum; 1776 entstand die Himmelfahrtskirche, 1873 die griechische Schule.
Bulgarisches Ahtopol (1913 — heute)
Nach den Balkankriegen (1912–1913) wurde Ahtopol ein Teil Bulgariens. Ein großer Brand 1918 zerstörte viel alte Wiedergeburts-Architektur. Nach dem Bevölkerungsaustausch 1925 verließen die griechischen Einwohner das Land; ihren Platz nahmen bulgarische Flüchtlinge aus Ostthrakien ein. Heute ist Ahtopol ein kleines Fischerstädtchen und Sommerziel, Gastgeber von Satellitentagen des Apollonia-Festivals und Ausgangspunkt für das Strandscha-Gebirge.