Antike (6. Jh. v. Chr. – 7. Jh.)
Im Gebiet des heutigen Aheloy siedelten Thraker seit dem 6. Jh. v. Chr. Später war es ein kleiner Hafen der griechischen Kolonien Apollonia und Mesembria. Der Name „Aheloy“ stammt vom griechischen „Acheloos“ — einer Flussgottheit mit der Bedeutung „der Fluss“.
Die Schlacht von Aheloy (917)
Am 20. August 917 wurde an der Flussmündung eine der größten Schlachten der bulgarischen Geschichte geschlagen. Zar Simeon I. der Große zerschmetterte das byzantinische Heer des Leon Phokas — über 20.000 Byzantiner fielen. Der Sieg festigte Bulgariens Vormachtstellung auf dem Balkan und wurde von byzantinischen Historikern als „katastrophal“ beschrieben.
Mittelalter und Osmanisches Reich (10.–19. Jh.)
Nach der großen Schlacht behielt der Ort strategische Bedeutung — Grenze zwischen dem Bulgarischen Reich und Byzanz bis ins 14. Jh. Unter osmanischer Herrschaft war Aheloy ein kleines Fischerdorf mit griechischer und bulgarischer Bevölkerung, rund 30 Häuser. Im 19. Jh. siedelten sich Flüchtlinge aus Ostthrakien und Kleinasien an.
Modernes Aheloy (1878 — heute)
Nach der Befreiung 1878 blieb Aheloy in Ostrumelien und kam 1885 zum Fürstentum Bulgarien. In der sozialistischen Zeit erhielt es den Kurort-Status mit kleinen Feriendomizilen. 1984 wurde Aheloy zur Stadt erklärt. Heute ist es eine ruhige Familienalternative zu den Massenresorts und zieht vor allem bulgarische und rumänische Urlauber an.